 |
海洋生物科技暨資源學系：教育目標在於建立學生基礎海洋科學學識，並培育海洋生物科技及海洋資源研發之專門人才，藉由專業學識的訓練及獨立研究能力的養成，強化學生在學術及產業的競爭力。 |
學士/碩士/博士 |
 |
海洋環境及工程學系：研究海洋環境的變遷、人為污染及其防治對策，同時亦探究發展海洋工程與資源有效利用的技術與制度，以永續利用自然資源、提昇環境品質，建立一個健康而美麗的海洋環境。 |
學士/碩士/博士 |
 |
海洋科學系：由「海洋科學學士學位學程」、「海洋生物研究所」、「海洋地質與化學研究所」及「海下科技暨應用海洋物理研究所之海洋物理組」整併後而成立的全新科系，將能更全面性的整合大學部與研究所的豐富資源，期待培育出新一代的全方位人才。 |
學士/碩士/博士 |
 |
海下科技研究所：統合水中聲學、水下機電系統及物理海洋學等學術領域發展水下探測與應用海洋科學相關之教學與研究。 |
碩士 |
 |
海洋事務研究所：海洋事務不只是強調不同學術領域的整合，也強調不同部門實際運作間的管理。故本所的設立同時具有多方面發展的特性，兼顧科學、技術、管理、法律各層面。 |
碩士 |
 |
海洋生態與保育研究所：積極培育我國產官學界所需海洋生態與保育的專業人才，以為實踐我國「海洋立國」之第一線尖兵。 |
碩士 |
 |
海洋生物科技博士學位學程：培養高階、跨領域之海洋生物科技的研發人才。由合聘中研院、高醫、及其他大學相關領域教授，共同指導博士生。 |
博士 |
 |
海洋科學與科技全英語博士學位學程：To fulfill the mission of strengthening research and contributing to education in marine sciences in the global perspective. |
博士 |
