本校濱臨高雄西子灣，依山傍海，1980年創校初期即將海洋科學列為發展重點，並在第二年（1981）設置海洋領域的第一個教學單位「海洋生物研究所」，1986年海洋科學學院成立。隨著各相關系所與學程陸續成立及整合，使本院成為涵蓋海洋科學、生物科技、海洋環境、工程技術、海岸治理及海洋事務領域完整的海洋學院。

　　為配合國家發展需求，1986年成立「漁業推廣委員會」，借重教師專業能力協助漁業及漁村發展。1990年本院臨海院區建成，為本院發展奠定基礎，1993年及2006年海資大樓及海工大樓分別落成，充裕了教學研究空間。「海研三號研究船」於1993年開始運作，使本院教學研究更完整。2019年由「新海研3號研究船」取代「海研三號研究船」，承接我國海洋科學基礎研究與海洋國土永續發展的使命。

　　本院現有三系三所二博士學程，共有專任教師63名，均有博士學位。本院創院院長為張崑雄教授，歷任院長包括陳鎮東教授、莫顯蕎教授、許德惇教授、陳陽益教授、劉金源教授、陳宏遠教授、王兆璋教授、李賢華教授、洪慶章教授，現任院長為廖德裕教授。